甲乙双方签订合同，甲是一般纳税人，乙是个人独资企业，税差款应该如何在合同款中补齐呢？

甲乙双方在签订合同时,由于甲方是一般纳税人而乙方是个人独资企业,在进项税金方面存在税差。这时应该如下处理:

1. 正确标明合同金额,不要因为税差直接降低合同金额。

2. 在合同中设置"税金"条款。明确说明该合同金额已包含应纳增值税(含所得税),但实际上乙方只能按照个人独资企业的税率享受政策。

3. 在"付款方式"条款中增加"税差款补齐"方式。明确约定乙方需要额外支付一个"税差款"给甲方,以弥补乙方享有个税政策所产生的税率差额。

4. 计算税差款的具体办法:

首先计算出合同金额对应的应纳增值税(假设为a元)。

然后计算乙方按照个税政策实际需要纳税的增值税额(假设为b元)。

最后"税差款"为 a元 - b元。

5. 乙方在实际支付合同款项时,分两期支付:

一期支付实际应缴税款b元及"税差款";

二期支付余下的合同金额(不含税)。

以上方式可以在合同中明确规定,让乙方按规定支付"税差款",弥补甲方因税率差异而产生的税收损失。希望能为您提供参考。如果还有其他疑问,欢迎随时告知。