根据契税法律制度的规定，下列情形中，纳税人可以向税务机关申请退还已缴纳的税款的有（ ）。

根据中国的契税法律制度,纳税人可以在以下几种情形向税务机关申请退还已缴纳的税款:

1. 重复缴税:纳税人因重复缴纳同一税款项目的税款,可以申请退还重复缴纳的税款。例如,纳税人在一次交易中重复缴纳了两次印花税,可以申请退还重复缴纳的那部分印花税。

2. 错误缴税:纳税人因错误理解税法规定或其他原因,缴纳不应缴或不必缴的税款,可以申请退还错误缴纳的税款。例如,纳税人误认为某项收入应纳个人所得税,已缴纳个人所得税,但后经税务机关确认该项收入无需缴纳个人所得税,此时纳税人可以申请退还错误缴纳的个人所得税。

3. 超额缴税:纳税人计算的应纳税额高于税务机关根据相关税法规定计算的应纳税额,已按照自己的计算缴纳税款,可以申请退还超过税务机关认定应纳税额的部分税款。

4. 税收优惠:纳税人根据税法规定可以享受某项税收优惠,但在缴税时没有享受,已按普通标准缴纳税款,可以在规定期限内申请退还超过优惠税率或优惠金额的部分税款。

以上四种情形,纳税人需在规定期限内向主管税务机关提供充分证明材料,申请退还已缴纳但实际不必缴纳或超过应纳税额的税款。主管税务机关会审核相关证据,作出是否同意退税的决定。